El departamento fue ocupado primero por los pumpus (provenientes de la selva). Posteriormente los huancas, durante el intermedio tardío, pastores y cazadores, junto con los chancas de Apurímac, opusieron feroz resistencia al avance incaico, pero cayeron bajo su dominio.
En 1534 se fundó la primera capital del Perú con el nombre de Jauja. Tarma se convirtió en la mayor contribuyente de la corona española.

Batalla de Junín. Huancayo proclamó y juró la independencia el 20 de noviembre de 1820.
Y el 6 de agosto de 1824, en las Pampas de Junín, se ganó una de las batallas más